Die Geschichte von Mallnitz ist eng mit seiner geographischen Lage verbunden. Bereits seit Jahrtausenden wurden die Alpenpässe bei Mallnitz als Übergang benutzt, erste Funde lassen sich auf 5.000 Jahre vor heute zurückdatieren. Die erste Besiedelung der Region erfolgte dann durch die Kelten ab dem 3. Jahrhundert vor Christus. Funde keltischer Silbermünzen beiderseits des Mallnitzer Tauern belegen die Existenz von Handelsrouten. Im 2. Jahrhundert vor Christus waren es die Römer, die den Mallnitzer Tauern als wichtigen Passübergang nutzten, Römische Feldherren ließen hier die ersten befestigten Passstraßen errichten. Der Einfall der Slawen um 600 nach Christus bereitete der Römischen Vorherrschaft ein Ende, aus dieser Zeit lässt sich auch der Ortsname Mallnitz ableiten. Das frühslawische „Malinica“ kann als „kleine Möll“ gedeutet werden.

Die Region des Mölltals war nur spärlich besiedelt bis im Mittelalter die Blütezeit des Siedlungsbaus einsetzte. Auch die Tauernübergänge gewannen erneut an Bedeutung, und so war es wiederum die geographische Lage von Mallnitz am Übergang zum Gasteinertal, die entscheidend zur Entwicklung beitrug. Durch die „Säumerei“ fand ein Großteil der Mallnitzer Bevölkerung eine einträgliche Einkommensquelle zusätzlich zur Landwirtschaft. Grundlage für den Saumhandel bildeten der Salztransport aus den Salinen im Norden nach Süden, sowie später der Transport von Wein und anderen Waren nach Norden. Die schweren Fuhrwerke wurden auf Pferde und Maultiere umgeladen, um die Waren über den Tauern ins benachbarte Gasteinertal zu bringen.

Erst 1909 wurde die Tauernbahn eröffnet und mit der Anbindung an den internationalen Bahnverkehr verbesserte sich die Erreichbarkeit von Mallnitz wesentlich. Dadurch war auch eine wichtige Grundlage für die Entwicklung des Tourismus in Mallnitz gegeben. So ist es wenig verwunderlich, dass in Mallnitz die erste Schischule Kärntens entstand und Ende der 40er Jahre ein erster Sessellift eingerichtet wurde. Trotz dieser frühen touristischen Nutzung hat sich Mallnitz seinen ursprünglichen Charme bewahrt und setzt heute als Nationalparkgemeinde und Bergsteigerdorf auf Sanften Tourismus, Naturerlebnis und die Naturschönheiten, die ja bereits vor 100 Jahren die Touristen nach Mallnitz lockten.